Si en algún momento agregaron comandos personalizados para abrir aplicaciones en GNOME y no saben como borrarlos vayan a la siguiente ruta:
$HOME/.local/share/applications/
y borren el contenido completo de la carpeta. Existen 2 archivos mimeapp.list y mimeinfo.cache que guardan toda la información de los cambios que fueron realizando. Al no existir mas los accesos directos estos archivos deberian regenerarse. Los pueden borrar sin problemas. Si llegan a quedar asociaciones mal hechas pueden reconstruir la base de datos de mime con el siguiente comando:
sudo update-mime-database /usr/share/mime
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