Obviamente tienen que tener el ffmpeg instalado. Está en los repositorios.
ffmpeg -i origen.flv destino.avi
ffmpeg -mbd rd -flags +4mv+aic -trellis 2 -cmp 2 -subcmp 2 -g 300 -pass 1/2 -flags +ilme+ildct -i origen.flv destino.avi
para mas información consultenhttp://ffmpeg.org/faq.html
O bien cambien por el mencoder:
mencoder origen.flv -ovc lavc -oac mp3lame -o destino.avi
en teoría con la linea anterior debería generar el .avi en divx. Si bien la calidad es excelente, el archivo generado es mucho mas grande y el reproductor externo no me reconoció los archivos así que ahí van otras opciones.
Con xvid como encoder.
mencoder origen.flv -ovc xvid -xvidencopts bitrate=1000:autoaspect -vf pp=lb -oac mp3lame -lameopts fast:preset=standard -o destino.avi
Con divx como encoder.
mencoder origen.flv -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4:vbitrate=1000:mbd=2:v4mv:autoaspect -vf pp=lb -oac mp3lame -lameopts fast:preset=standard -o destino.avi
Finalmente me funcionó de forma excelente con XVID.
Actualizacion 14/08/2012
Si necesitan convertir .mov a .flv
ffmpeg -i archivo.mov -ar 22050 -ab 128k -b 400k -s 320x240 -aspect 4:3 -f flv - | flvtool2 -U stdin archivo.flv